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科学家给CRISPR系统“瘦身”

媒体:中国生物技术网  作者:佚名
专业号:吴楚扶耒   2018/9/5 15:49:57

在过去的6年中,基因编辑技术CRISPR从一个不起眼的细菌免疫机制转变为生物学的明星工具,使研究人员能比以往更加精确且轻松地改变DNA。但是,最流行的CRISPR版本的Cas9蛋白的分子量巨大,这限制了CRISPR基因编辑系统在医疗上的应用及创造新疗法的能力。现在,研究人员们设计出一种让CRISPR“瘦身”的方法,而且仍然能保持CRISPR的核心功能。

标准CRISPR方法已经从酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)中获得了称为SpCas9的DNA剪切蛋白。CRISPR的另一部分将酶引导至基因组上的目标位置。SpCas9与DNA结合,它的分子剪刀会将DNA的双链螺旋剪切。但是SpCas9拥有1368个氨基酸,它太大了,对于许多生物医学应用来说太过笨重。因此美国加州大学伯克利分校的David Savage领导的研究团队利用“定向进化”方案设计了大量更“纤瘦”的Cas9库。

美国国家生物技术信息中心的研究员Kira Makarova说:“这是一个神奇的故事,因为它逆转了实际进化过程。”

Savage是一名结构生物学家,他在上周的冷泉港实验室CRISPR年度会议上展示了这项研究。他将这种蛋白质工程方法称为“迭代体积排阻重组实现的轻量化(MISER)”。该技术使用两种酶系统地剪切SpCas9的DNA基因,除掉编码蛋白质的不同部分。Savage及其同事随后测试了这些基因序列,以确定生成的蛋白质是否仍然保留Cas9的与DNA靶标结合的能力。然后他们将取得成功的蛋白质结合起来,以补充独特的剪切选项。到目前为止,他们已经创造出50万种变体。Savage说:“令人震惊的是,这种蛋白质的功能非常好。我没有想到它会如此灵活,以至于可以容忍大量删除,而且可以叠加在一起。”

MISER突变体无法实现传统CRISPR-Cas9的所有功能。不利因素之一在于,某些Cas9突变体会锁定到基因组的特定位置上,但是不会剪切DNA。但研究人员们在早些时候发现,这些“死亡”的Cas9也是可以作为工具的,因为它们能将其他的分子运输到特定目的地。一种强大的被称为碱基编辑的CRISPR技术利用它将酶运送到可以将一个DNA碱基转化为另一个DNA的靶位点。迄今为止最小的MISER Cas9突变体(不能剪切)只有880个氨基酸,大约是最初SpCas9的三分之二。

哈佛大学的化学家David Liu的实验室发明了这种碱基编辑系统,他说,Savage的这项与MISER相关的研究是这项非常出色新技术的早期应用,使基因编辑技术向着长期目标更近了一步。

很多利用CRISPR设计生物医学疗法的研究人员将Cas9基因与其他组件打包到一个无害的病毒中,靠病毒将它们运输到特定的细胞中修复基因缺陷。但是病毒运输基因的能力是有限的,而此时这种“纤瘦”型Cas9就能够起作用了,特别是如果它的剪刀有效。

Savage说:“我们必须完成这项研究。”他的团队正在筛选他们所创造的这些变体,以找到那些体积最小、用途最大的那个。

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